En los lejanos tiempos en que las aguas adyacentes a Cuba estaban infectadas de piratas, uno de aquellos aventureros de pata de palo, y parche sobre un ojo levantó campamento en un islote cercano a este municipio.

Durante varios años, él y sus forajidos fueron los únicos habitantes del paraje. El filibustero, a todas luces de origen español, tenía por nombre Juan Claro. Así que, a falta de otro mejor, la gente de la línea costera se dio en llamar Cayo Juan Claro al inhóspito segmento de tierra.